El presbiterio está elevado sobre el resto de la iglesia y unido a la nave central por medio de unas gradas. Se trata de una capilla poligonal de siete lados, los cinco centrales perforados con ventanas geminadas y rematadas por óculos lobulados. La capilla se cubre con una bóveda cuyos nervios parten de un florón central. Según apuntó Domingo Clemente en su Guía de Ciudad Real, publicada en 1869, la capilla mayor habría sido reconstruida en 1473, gracias al dinero aportado por el regidor perpetuo Fernando de Torres. En 1827 se eliminó del presbiterio el retablo de estilo renacentista y se colocó en su lugar un gran cuadro, que representaba la cura milagrosa del paralítico por San Pedro, pintado por Luis López. Este cuadro fue desplazado a los pies de la iglesia y, en la capilla mayor, se construyó un retablo de escayola, elaborado por el arquitecto local Silvestre López Donaire, en 1863. Después de la última reforma solamente se ven sus muros de piedra con sus cinco portaluces góticos. Encontramos las imágenes del Santísimo Cristo del Perdón y de las Aguas con la de un Sagrado Corazón de María y una imagen de San Pedro.